Kultura e dytë fillestare më e popullarizuar dhe e përdorur shpesh pas llojit mezofilik janë bakteret termofile. Ato kanë një numër veçorish të përdorimit dhe procedurave të prodhimit.
Ndryshe nga fermentet më të zakonshme mezofile, të cilat i shtohen qumështit të nxehtë në 25-30 gradë Celsius, termofilikët "tolerojnë" 30-40 gradë dhe më shumë. Ndjeshmëria më e vogël ndaj kushteve të temperaturës e bën llojin e fundit të përbërësit të djathit të domosdoshëm në prodhimin e të ashtuquajturve djathërave ekstrakt, shumë të njohur në Itali, si dhe varieteteve të ngrohjes. Këto përfshijnë varietetet "Mozzarella", "Provolone", "Romano" dhe varietete të ndryshme të prodhuara tradicionalisht në Zvicër.
Shtamet kryesore të baktereve të përdorura në përgatitjen e fillestarëve termofilikë janë Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii ssp.bulbaricus dhe Lactobacillus helveticus. Ata mbijetojnë dhe bashkëveprojnë mirë me qumështin në temperatura deri në 65 gradë Celsius. Në një temperaturë më të ulët, nuk përjashtohet përzierja e kulturave fillestare termofile me ato mesafilike.
Nëse doni të bëni një djathë të thjeshtë shtëpiak ose një version gjysmë të fortë të tij si "Gouda", atëherë thjesht nuk keni nevojë për kultura fillestare termofile. E njëjta gjë vlen për varietetet me lloje të ndryshme të mykut - të bardhë, blu, jeshile ose të kuqe-portokalli. Në këtë rast, do t'ju duhet vetëm të blini një kulturë të rregullt fillestare mezofile.